Die Pfaffenhofer Pfarrkirche ist dem Patrozinium "Mariä Himmelfahrt" geweiht . Die erste erhaltene Weiheurkunde stammt aus dem Jahr 1310.

Der Kern des Gotteshauses ist  noch viel älter. Archäologische Grabungen von 1961 und 1997 erbrachten den Nachweis, dass in Pfaffenhofen schon im fünften Jahrhundert an dieser Stelle eine Kirche stand.  Möglicherweise war die Kirche zur Zeit der Völkerwanderung vorübergehend Sitz eines Wanderbischofs.

In den  Jahren 1991-1994 wurde die Kirche außen und 1997 innen restauriert. 

Zur Pfarre Pfaffenhofen gehören auch die "Armen Schulschwestern unserer Lieben Frau", die seit über hundert Jahren hier ansässig sind. Zur Zeit leben vier Schwestern am Ort.